Sau khi hoàn thành một số truyện dài, vào cuối năm 1956 Harper Lee được tặng nguyên một năm lương với đề nghị bà dùng năm nghỉ ngơi này để sáng tác bất cứ gì mình thích.[14] Trong vòng một năm, nữ nhà văn viết xong bản thảo cuốn tiểu thuyết đầu tay, sau đó bà cùng với biên tập viên Tay Hohoff của nhà xuất bản J. B. Lippincott & Co. hoàn thành Giết con chim nhại (To Kill a Mockingbird) vào mùa hè năm 1959. Tiểu thuyết có nhiều nét tương tự như một cuốn tự truyện của chính nhà văn, nó lấy không gian một thị trấn nhỏ ở Alabama với nhân vật chính là cô bé Jean Louise "Scout" Finch, con gái luật sư Atticus Finch. Trong tiểu thuyết còn xuất hiện nhân vật Dill, bạn của Scout, với hình mẫu được lấy từ người bạn thân của Harper Lee là Truman Capote. Điều thú vị là Harper Lee trước đó cũng trở thành hình mẫu để Capote xây dựng một nhân vật trong tiểu thuyết Other Voices, Other Rooms xuất bản năm 1948 của ông. Xuất bản lần đầu tiên ngày 11 tháng 7 năm 1960, Giết con chim nhại đã nhanh chóng trở thành tác phẩm ăn khách cũng như được giới phê bình đánh giá rất cao. Harper Lee đã được trao Giải Pulitzer Văn học (Pulitzer Prize for Fiction) năm 1961 cho tiểu thuyết này. Sau khi ra đời, Giết con chim nhại đã được tái bản rất nhiều lần cũng như được chuyển thể thành phim và trở thành một trong những tác phẩm văn học đáng chú ý nhất thế kỷ 20 của văn học Mỹ.

Sau khi hoàn thành Giết con chim nhại, Lee làm trợ lý cho Capote trong chuyến đi của ông tới Holcomb, Kansas để tìm hiểu thông tin về một vụ giết người dã man nhằm viết bài cho báo The New Yorker. Tư liệu từ chuyến đi này của hai người sau đó đã được Capote sử dụng để viết tiểu thuyết xuất sắc nhất của ông, In Cold Blood (1966). Về phần Lee, mặc dù đã trở nên nổi tiếng nhờ tiểu thuyết đầu tay, bà hầu như từ chối mọi cuộc phỏng vấn hoặc xuất hiện nơi công cộng và cũng ngừng viết văn, ngoại trừ một số tiểu luận ngắn. Tiểu thuyết thứ hai của bà, The Long Goodbye, vì thế chưa bao giờ được hoàn thành.[15] Giữa thập niên 1980, Lee cũng từng có ý định viết một cuốn sách về vụ giết người hàng loạt ở Alabama, nhưng rồi bà cũng nhanh chóng bỏ qua dự án vì không hài lòng với nó.[15] Trong một buổi họp mặt tại Alabama năm 2008, Lee đã từ chối lời mời xuất hiện trước công chúng với lý do: "Tốt hơn là im lặng thay vì trở thành một kẻ khờ".[16][17]